1. продублировать бэкграунд слой.
2. Ктрл+А, ДЕЛ на нижнем слое. Выделить все и удалить.
3. Залить черным цветом. Это даст прозрачность.
4. Flatten - это и есть тот самый нужный фикс!
5. Все, сохранить, закрыть.
Также рекомендуется сразу записать это в Action, для последующего фикса подобных файлов.
Особенно актуально, если придется править потоковые текстуры! Число которых может исчисляться сотнями!
Примечание.
Обрабатывая ТГА таким образом, можно получать и альфа каналы, для последующего пересохранения файлов в ДДС формат.
КТРЛ+ЛКМ по слою, или просто ктрл+А и Save Selection as Alpha Channel.
